من المسلم به عموما أن زواج الأقارب يمكن أن يزيد من احتمال الأليلات المتنحية الضارة التي تقترن لتؤدي إلى نسل يعبر عن حالة جينية موروثة، وتحت الظروف الطبيعية فالعديد من الأنواع يبذل جهدا كبيرا ليتجنب زواج الأقارب.تترك الخيول بشكل طبيعي جماعات أسرهم لتنشئ أخرى جديدة مع أفراد غير ذوي قرابة.
الانتقاء الاصطناعي يعني أن زواج الأقارب لبعض السلالات من الخيول شائع جدا.
وكمثال على ذلك، أظهرت الأبحاث أن ما يقرب من 500.000 حصان سباق أصيل ينحدر من 28 سلفا، ويمكن أن تعزى عودة 95% من الذكور الأصيلة الى فحل واحد. أجريت الأبحاث عن طريق فحص تسلسل الحمض النووي للخيول الأصيلة وفحص كتاب أنساب الخيول (studbooks) الذي يعود تاريخه إلى 1791.
الآثار التراكمية لزواج الأقارب واسع النطاق هذا داخل الصناعة يؤدي إلى زيادة حالات الشذوذ الوراثية، مثل اضطرابات العظام والجهاز التنفسي، وانخفاض الخصوبة.
ولكن من الجانب الإيجابي، أدى زواج الأقارب من خيول السباق إلى تحديد الجينات المفيدة أيضا، والتي مكنتهم من تطوير سرعة لا تصدق.
من جهة أخرى فإن التناسل مع الأباعد يمكن ان يؤدي الى مشاكل مثله كمثل زواج الأقارب.
فزواج الأباعد هو تهجين نوعين مرتبطين ارتباطا وثيقا، على الرغم من كونهما نوعين منفصلين. إذا تم تزاوج اثنين من الحيوانات وهما مختلفان وراثيا جدا، فإن النسل الناتج قد يكون غير قادر على التكاثر.
مثال خيلي على ذلك هو تهجين الخيول مع الحمير. فهذان النوعين مختلفان، لكنهما قادرين على التناسل معا لإنتاج البغال. ومع ذلك فالبغال تعاني من العقم.
ويتم إنتاج البغال عادة نتيجة لتزاوج أنثى الحصان (الفرس) من حمار ذكر، بدلا من حمار أنثى مع ذكر حصان (الفحل). والسبب في أن البغال تعاني من العقم هو أن الحصان لديه 32 زوجا من الكروموسومات، في حين أن الحمار ليس لديه سوى31. وبالتالي سيكون لدى نسلهم 63 كروموسوما، والذي لا يمكنه الانقسام بالتساوي.
عدد الكروموسومات ضمن الأنواع المختلفة من الفصيلة الخيلية يختلف على نطاق واسع. فعلى الرغم من أن الحمير لديها 31 زوجا من الكروموسومات، إلا أن الحمر الوحشية ليس لديها سوى 23 زوجا، ولكن مع ذلك فقد أسفر عن تهجين ناجح بين الحمر الوحشية والحمير. والنسل لديه عدد من الكروموسومات في مكان ما بين هذين النوعين. الإناث المولّدة تكون سيئة الخصوبة ، والذكور المولّدة تكون دائما عقيمة.